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分析病毒

更新時間:2021-01-30      瀏覽次數(shù):845

分析病毒

艾默里大學(xué)生物學(xué)副教授Katia Koelle說,SARS-CoV-2病毒變種的出現(xiàn)在對抗CO-VID-19的斗爭中增加了曲折,表明需要對該病毒進(jìn)行更好的基因組監(jiān)測。

Koelle說:“改進(jìn)的跨州SARS-CoV-2基因組監(jiān)測確實將幫助我們更好地了解引起大流行的病毒在美國的發(fā)展和傳播。”“需要更多的聯(lián)邦資金,以及用于樣本收集和基因測序的集中標(biāo)準(zhǔn)。研究人員需要訪問此類元數(shù)據(jù),以便更好地跟蹤病毒在地理上的傳播方式,并確定可能難以控制的任何新變種,以便衛(wèi)生官員可以更快,更有效地做出反應(yīng)。”

Koelle研究了病毒進(jìn)化與病毒傳染病流行病學(xué)傳播之間的相互作用。她是《觀點》文章的高級作者,該文章剛剛發(fā)表在《科學(xué)》雜志上,有關(guān)SARS-CoV-2測序?qū)刂艭O-VID-19大流行的重要性。

邁克爾·馬丁(Michael Martin)是埃默里(Emory)的人口,生物學(xué)和生態(tài)計劃的博士研究生,也是科勒(Koelle)實驗室的成員,是《科學(xué)》雜志的第-一作者。大衛(wèi)·范因斯伯格(David VanInsberghe)是科勒實驗室的博士后研究員,是該書的合著者。

馬丁說:“對SARS-CoV-2的研究一直以迅雷不及掩耳的速度進(jìn)行。”“這種加速為我們提供了迄今為止-快的針對疾病的大數(shù)據(jù)集之一。到目前為止,我們已經(jīng)學(xué)到了很多關(guān)于這種病毒如何傳播和適應(yīng)的知識,但是我們?nèi)匀挥泻芏嗝c需要解決。”

基因組是生物體的遺傳物質(zhì)。人類基因組由雙鏈DNA組成,以四個不同的核苷酸堿基字母編碼。一個人類基因組由超過30億個堿基對組成。相反,包括SARS-CoV-2在內(nèi)的冠狀病毒的基因組是由RNA組成的,RNA的結(jié)構(gòu)比DNA更簡單。例如,SARS-CoV-2基因組由一條只有30,000個字母長的RNA鏈組成。排序是一種可以讀取這些字母的技術(shù)。

本文總結(jié)了有關(guān)SARS-CoV-2的關(guān)鍵見解,這些見解已通過從各個患者樣品中對其基因組進(jìn)行測序而獲得。它還列舉了仍然存在的挑戰(zhàn),包括將元數(shù)據(jù)收集和整合到遺傳分析中,以及需要開發(fā)更有效和可擴(kuò)展的計算方法以應(yīng)用于成千上萬的基因組的需求。

 

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